故事承接第一部结尾，自从森林王子莫格利（海利·乔·奥斯蒙 Haley Joel Osment配音）认识了人类女孩珊迪（梅·惠特曼 Mae Whitman配音），便随她一同居住在人类村庄中。然而离开丛林生活的莫格利，却在新的环境里异常想念他的动物朋友们，尤其是待他非常好的黑熊巴洛（约翰·古德曼 John Goodman配音）。来自远方森林的召唤，让莫格利决定重新回到森林的怀抱中去。然而从前自由自在的森林生活，此刻却变得危机重重。老冤家老虎希瑞·坎（托尼·杰伊 Tony Jay配音）正在酝酿一场复仇计划。
在茂密宁静的仓鸮森林，猫头鹰诺克图斯和妻儿们生活在一棵参天大树的枝干上。她的儿子索伦（吉姆·斯特吉斯 Jim Sturgess 配音）无比迷恋“守护者”的传说。据说很久以前，佩戴着钢喙的邪恶“纯种者”（草鸮）国王压迫猫头鹰子民，关键时刻守护者挺身而出，打败了国王及其爪牙，但失败者从未放弃复仇的念头。憧憬古老传说的索伦令哥哥库鲁德（瑞恩·科万腾 Ryan Kwanten 配音）颇为气恼，以致于被哥哥从树上推下。两只还没学会自由飞翔的小家伙跌落到危机四伏的地面，他们躲避各种猛兽的袭击，却无法避免成为邪恶猎手捕
